L'unità operativa della  Scuola di Specializzazione in Ortognatodonzia è situata al terzo piano dell'edificio 14 del Policlinico Universitario Federico II (Sede del Dipartimento di Scienze Odontostomatologiche e Maxillo Facciali). L'unità è costituita da tre sale operative, due dedicate alle visite ortodontiche e una alle visite gnatologiche, un laboratorio ortodontico e quattro aree dedicate alla ricerca. Le aree di ricerca sono dotate di postazioni collegate alla Rete di Ateneo, e di wi-fi. Per corsi organizzati dalla Scuola sono disponibili due sale congressi per un totale di circa 150 posti.